在神經科學的研究方法中，為了使各種處理手段（給藥、毀損、病毒注射等）或信號采集（微電極、探針）到達目的腦區的相應位置，需要使用腦立體定位技術。

　　

　　下面詳細介紹腦立體定位實驗過程中的注意事項：

　　1、首先根據以上的注意事項找準腦立體定位點。

　　

　　2、熒光、有色染料預實驗：在病毒注射之前，為了確定核團定位是否正確，推薦神經順行示蹤的DiI染料于注射后1周，神經逆行示蹤的熒光金（Flourogold）染料于注射后2周切片，并對照圖譜確認注射的核團位點無誤，再進行病毒注射，可有效提高病毒標記的成功率。冰凍切片時注意，先從所要核團外開始切（還不到核團所在層面），拿到的切片對照圖譜中的一些參照物來判斷核團是否準確（對照物可選大而清晰的海馬、視交叉，腦室、核團附近的特殊結構如纖維索等等），切片同時注意調節凍臺角度，使切片角度與圖譜一致。

　　

　　3、注意小鼠的狀態：由于俯臥體位以及腦立體定位儀的夾持，容易造成小鼠窒息死亡，因此需要隨時確認小鼠氣道通暢。另外，對于手術切開的部位，應適當滴加生理鹽水，防止傷口干燥。

　　

　　4、大鼠顱骨水平位定位操作：定位時將大鼠固定成顱骨水平位后，先定位到前囟，以前囟為原點，向前或向后、向左或向右、向下（先在顱骨上打孔）到達核團位置，需要強調的是，坐標是以前囟為原點，而不是以鉆孔后的腦表面為原點。

　　

　　5、熟能生巧：通過多加練習，最后能根據所用動物的體重對坐標做相應的修正，保證一定得準確率，立體定位也就成功了。